Om ni är flera som behöver samarbeta i samma dokument och där ni har egna EndNote-bibliotek i varsina datorer behöver ni bestämma hur ni ska göra det samarbetet. Det blir ofta problem med dokumentet annars, när referenser lagts in som är kodade till olika personers EndNote-bibliotek.
En rekommendation är att ni, innan ni börjar skriva er text, bestämmer vem av er som ska vara ”administratör” för referenserna. Denne blir den enda som lägger in EndNote-referenserna i texten. De andra lägger in notiser i texten om vilken referens som ska in var genom att till exempel ange författare och publikationsår för referensen. Sen ansvarar administratören för att lägga in referenserna från sitt EndNote-bibliotek.