Mendeley sorterar automatiskt dina referenser i kategorierna Recently Added och Recently Read. Du kan själv organisera ditt bibliotek genom att skapa samlingar ("collections") för t.ex. olika projekt eller ämnesområden. De fungerar ungefär som mappar. Detta gör du genom att klicka på New Collection under Collections i vänstermenyn. Om du vill skapa undersamlingar till en samling högerklickar du på den och väljer New Collection. När du skapat en samling kan du dra och släppa de referenser som du vill ska finnas i den. Alla referenser kommer alltid ligga kvar under All References även om du drar dem till en eller flera samlingar.
Ett annat sätt att organisera dina referenser är att lägga till egna taggar till dem. Markera en referens i ditt bibliotek och lägg till en eller flera valfria taggar i fältet för taggar under fliken Info.
Alla referenser som fått en viss tagg kan du sedan filtrera fram via filtreringsknappen bredvid sökrutan i Mendeley Reference Manager. Klicka på Tags och välj den tagg du vill söka fram. Du kan också söka efter taggar i själva sökrutan, men då kommer du också få träffar i andra metadatafält, till exempel om din tagg förekommer som ord i titlar eller abstract.
Du kan öppna en bifogad PDF i Mendeleys inbyggda PDF-läsare genom att markera den aktuella referensen och klicka på Read under fliken Info. I PDF-läsaren kan du läsa och söka i texten och dessutom markera och göra anteckningar i den.
De anteckningar du lägger till kommer sedan synas i huvudvyn, under fliken Notes för den aktuella referensen.
(Det här avsnittet är under arbete. För mer information om den här funktionen, se Mendeley Support Center.)